（一）根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
（二）施工合同是原始的双方签订的施工协议，补充协议是在施工合同基础上进行的修改和补充。如果是招投标的施工合同，小伙伴们要注意，根据《招投标法》第46条，招标人和中标人在已经订立书面招投标施工合同之后，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，如果是招投标施工，施工合同补充协议违背了原始施工合同的实质性内容则是无效的。
一、建设工程施工合同无效的类型有哪些
（一）合同主体不适格
建筑施工事关重大，施工人有无相应资质关系到当事人履约能力、施工质量等。没有资质、低于相应级别资质或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义订立的建设工程施工合同，均为无效合同。
（二）违法招标、投标订立的建设工程施工合同或者建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的建设工程施工合同。
在招标方面，这一点在案件审理中较易被疏忽，由于目前并非所有的建设工程都需要招标，《招投标法》第3条，在以下建设项目包括勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标。
（三）违法分包，非法转包建设施工合同
二、广西施工合同备案依据有哪些
广西施工合同备案依据有有施工合同签订七天之后就需要送到建设行政主管部门进行备案。
《招广西施工合同备案依据有标投标法》第四十七条规定：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方建设行政主管部门备案。
申请办理合同备案需要提供以下材料：
1、《建设工程施工合同备案表》（收取原件4份，此表要到政务中心窗口领）。
2、全部《建设工程施工合同》；
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本），
招标文件和招标控制价及电子数据，（收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份）。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据（收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份，）。
5、经发、承包双方确认的工程预算书（收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份，）。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函；（查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份）。
7、法定代表人授权委托书（收取原件1份）。
8、《办理建管手续联系单》（查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份）。
9、中标通知书（收取加盖申请单位公章的复印件1份）