一、新的变化
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1.改变会计核算基础。
权责发生制和收付实现制是会计确认的两种方式。旧制度规定“高等学校会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务的核算采用权责发生制”，但新制度明确指出“部分经济业务或者事项的核算应当按照本制度的规定采用权责发生制”。权责发生制的会计确认基础能够更客观、准确地反映高校的会计信息。
2.扩大核算范围。
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3.开始计提折旧与摊销。
新制度改变了旧制度中固定资产不计提折旧，无形资产不进行摊销的做法，增加“累计折旧”、“累计摊销”等科目，采用了“虚提”折旧和摊销的模式，即折旧与摊销不计入支出，而是冲减净资产“非流动资产基金”，从而真实地反映高校资产的价值。
4.优化报表，增强报表通用性。
新制度对会计报表体系进行了调整，取消了年终清理结算和结账的内容。新制度将收入支出表改为收入费用表、增加了现金流量表、财政拨款收支表、基金投资表、会计报表附注等。。
二、新制度下高校的问题
1.高校内部科研经费投入存在盲区。
。前者核算高校取得的除同级财政部门以外的及地方部门拨付的科研经费拨款，后者核算高等学校开展科研及其辅助活动取得的横向科研经费收入。从科目设置上不难看出，高校内部投入的科研经费无法按照新制度的规定进行会计核算，导致高校在科研经费投入的核算中出现了一个盲区。
2.科研经费间接支出难以准确计量。
新制度规定从科研项目收入中提取的项目管理费或者间接费用，按提取的金额，借记“科研事业支出”，贷记“事业基金-项目管理费或间接费”。但未明确提出混合成本在科研项目支出中的分摊规定，因此科研项目的间接支出仍在教育事业支出中列支，无法计算真实的科研项目成本，同时也虚增了教育成本。
3.固定资产核算准备工作繁重。
根据新制度的规定，高校应以2013年12月31日为节点，开展全校性的资产清查。摸清固定资产明细，并对财务账面上的固定资产明细科目进行分析，按照新制度进行会计处理，计算应计提折旧等相关数据。由于高校的固定资产数量多，保存位置广，新旧不一，对固定资产的清查工作相当繁重，需要较长时间才能完成。
4.会计核算科目与科研预算口径不统一。
科研项目的预算编制通常由科研项目负责人负责，项目负责人不是专业的财务人员，对预算的认知和理解不充分，再加上预计事项的不确定性，导致编制出的预算随意性较强。实际中，科研项目的预算科目与高校会计核算的科目口径常有不一致的现象。两者无法实现无缝对接，导致高校对科研项目预算的控制存在困难。
三、新制度下完善科研经费会计核算的建议
1.设置专门账户进行管理。
高校内部资金对科研项目的投入不属于科研项目的收入，无法通过“科研事业收入”科目进行核算，但高校可以设置专门的银行账户实现科研经费的管理，也能直观的反映高校对科研活动的投入情况。在对科研经费核算过程中，还可设置相应的辅助账，更清楚的反映科研项目的收入、支出和结余情况。
2.增设明细科目，进行成本归集。
新制度明确了除制度中规定的会计科目外，不能新增设会计科目进行核算，因此高校可以设置明细科目对间接费用进行核算。对公共费用的支出，例如水电费、固定资产折旧等费用，可以按适当的标准进行分摊，将科研项目支出与教育支出分开，全面计量科研活动的成本。
3.加强固定资产管理，建立固定资产管理系统。
高校借实施新制度的契机，同步建立固定资产管理系统。高校组织相关人员全面清查学校固定资产，并对固定资产的性质、使用情况和固定资产寿命进行统一摸底。根据新制度中固定资产计提折旧的方法，开始计提固定资产折旧，规范固定资产的管理。
4.普及会计相关知识，增强职能部门服务功能。
高校的科研项目管理部门、财务部门应针对科研项目负责人进行项目预算编制的指导与培训，保证科研项目负责人编制的项目预算科学、合理。高校审计部门也应加强对科研经费的审计，提出科研经费预算、支出、决算中存在的问题，促使科研项目负责人进一步了解相关的法律法规，规范科研项目的预算编制与经费使用。